Računsko sodišče je v reviziji ugotovilo več pomanjkljivosti v postopkih izbire projektov in nadzoru nad porabo sredstev. Ker vse razkrite nesmotrnosti niso bile odpravljene med revizijo, je od agencije zahtevalo predložitev odzivnega poročila, ki ga je agencija v roku tudi predložila. Izkazane ukrepe so na računskem sodišču večinoma ocenili kot zadovoljive, le v enem primeru ukrep po oceni sodišča ni bil zadovoljiv.
Agencija po oceni sodišča ni izkazala, da je s kakšnim predpisom ali aktom zagotovila, da bodo občasna strokovna telesa imenovala dodatne recenzente oziroma predlagala zamenjavo recenzentov, preden se jim posredujejo prijave v ocenjevanje. Zgolj izjava agencije po navedbi sodišča namreč še ne predstavlja zagotovila, da bo agencija ukrep dejansko izvedla.
Občasno strokovno telo lahko dodatne recenzente za izvedbo ocenjevalnega postopka imenuje, če med ocenjevalnim postopkom posamezen recenzent odkloni sodelovanje oziroma se ugotovi, da ni dovolj ustreznih recenzentov na posameznem raziskovalnem področju glede na vsebino prijav. A je občasno strokovno telo, kot je v reviziji ugotovilo sodišče, imenovalo oziroma potrdilo zamenjave recenzentov iz nabora recenzentov šele, ko so zamenjani recenzenti že izvedli ocene projektov.
Ta nesmotrnost po oceni sodišča torej ni bila zadovoljivo odpravljena, a kot so zapisali v porevizijskem poročilu, "ne presega pomembnosti, ki je bila upoštevana v reviziji".
Ostale popravljalne ukrepe je sodišče ocenilo kot zadovoljive. Agencija je morala med drugim v odzivnem poročilu izkazati, da je pripravila metodološki okvir za izvedbo analiz spremljanja rezultatov in učinkov raziskovalnih programov in projektov.
Zahtevani metodološki okvir je agencija predložila. Poleg spremljanja učinkov raziskovalnega dela pa naj bi zajemal tudi oceno učinkov raziskovalne dejavnosti na posameznem raziskovalnem področju.
Metodološki okvir predvideva samoocenjevalna poročila kot vhodni element za izvedbo ocenjevanja. Na podlagi podatkov iz samoocenjevalnih poročil bo pripravljena statistična analiza učinkov na posameznem raziskovalnem področju, kar bo pripomoček za delo ocenjevalne skupine za oceno raziskovalnih programov na določenem področju.
Analize po področjih bo pripravila agencija. Rezultat ocenjevalnega postopka bo ocena stanja na ocenjevanem raziskovalnem področju v Sloveniji, kar vključuje kvalitativno oceno rezultatov in učinkov. Ocena stanja bo javno objavljena, v njenem okviru pa tudi prej omenjena analiza. Raziskovalno področje ali sklop raziskovalnih področij bo ocenjeno vsakih šest let.
Prav tako je morala agencija v odzivnem poročilu izkazati, da je o vseh opravljenih nadzorih izdala poročila, ki bodo objavljena in dostopna javnosti. Agencija je na svojih spletnih straneh objavila svoja poročila o ugotovitvah iz revizij namenske porabe sredstev za sofinanciranje raziskovalne dejavnosti za leta 2015, 2016 in 2017. Revizije namenske porabe sredstev za sofinanciranje izvajanja raziskovalne dejavnosti v letu 2018 naj bi bile opravljene jeseni 2019 (po roku za predložitev odzivnega poročila).
